无论您是经常使用显微镜还是偶尔只用一次都请您在使用时，一定要正确操作，小心谨慎。操作粗心或操作方法错误会引起仪器的损坏。以下各项请您在使用中一定要引起足够的重视：
微调是显微镜机械装置中较精细而又容易损坏的元件，拧到了限位以后，就拧不动了。此时，决不能强拧。否则，必然损坏。调焦时，遇到这种情况，应将微调退回3～5圈，重用粗调调焦，待初见物像后，再改用微调。如能事先将微调调至中间位置（一般在微动燕尾的侧面上刻有位置标记“-=”，当微动燕尾上的单线对着两横线的中间时，微调即处于中间位置），使正反两个方向都有大体相等的调节余量，当然更好。
使用高倍镜观察液体标本时，一定要加盖玻片。否则，不仅清晰度下降，而且试液容易浸入高倍镜的镜头内，使镜片遭受污染和腐蚀。
每次使用100X油镜使用后，一定要擦拭干净。香柏油在空气中暴露时间过长，就会变稠和干涸。到这时再去擦拭就比较困难了。镜片上留有油渍，清晰度必然下降。
经常性的维护
防潮
如果您的显微镜所处的环境是比较潮湿的，那您就得注意以下事项了： 室内环境潮湿是导致光学镜片生霉、生雾的主要因素。如果镜片一旦生霉，就会很难除去，而且显微镜内部的镜片由于不便擦拭，潮湿对其危害性更大。另外机械零件受潮后，会很容易生锈。所以为了防潮，您在存放显微镜时，除了要选择干燥的房间外，存放地点也应离墙、离地、远离湿源。例如您可以在显微镜箱内放置１～２袋硅胶作干燥剂，并经常对硅胶进行烘烤。如果其颜色变粉红后，应及时烘烤，烘烤后可再继续使用。
防尘
作为显微镜使用者的您一定会发现用了比较长时间的显微镜在观察物体时总会觉得图片没之前那么清晰了。那么您也不用太过于焦急，不一定完全是因为您购买的显微镜本身质量太差的原因，而很有可能是您平时不注意防尘而导致的。因为如果光学元件表面落入灰尘，不仅影响光线通过，而且经光学系统放大后，会生成很大的污斑，影响观察。灰尘、砂粒落入机械部分，还会增加磨损，引起运动受阻，危害同样很大。因此，必须经常保持显微镜的清洁，不使用显微镜时可以用防尘罩盖起来。
防腐蚀
显微镜不能和具有腐蚀性的化学试剂放在一起。如硫酸、盐酸、强碱等。
防热
这也是不可忽略的问题 防热的目的主要是为了避免热胀冷缩引起镜片的开胶与脱落。
机械部分的擦拭
表面涂漆部分，可用布擦拭。但不能使用酒精、乙醚等有机溶剂擦，以免脱漆。没有涂漆的部分若有锈，可用布蘸汽油擦去。擦净后重新上好防护油脂即可。
光学系统的擦拭
平时对显微镜的各光学部分的表面，用干净的毛笔清扫或用擦镜纸擦拭干净即行。在镜片上有抹不掉的污物、油渍或手指印时，镜片生霉、生雾以及长期停用后复用时，都需要先进行擦拭再使用。
擦拭范围目镜和聚光镜允许拆开擦拭。物镜因结构复杂，装配时又要专门的仪器来校正才能恢复原有的精度，故严禁拆开擦拭。拆卸目镜和聚光镜时，要注意以下几点：
a、小心谨慎。
b、拆卸时，要标记各元件的相对位置（可在外壳上划线作标记）、相对顺序和镜片的正反面，以防重装时弄错。
c、操作环境应保持清洁、干燥。拆卸目镜时，只要从两端旋出上下两块透镜即可。目镜内的视场光栏不能移动。否则，会使视场界线模糊。聚光镜旋开后严禁进一步分解其上透镜。因其上透镜是油浸的，出厂时经过良好的密封，再分解会破坏它的密封性能而损坏。
擦拭方法先用干净的毛笔或吹风球除去镜片表面的灰尘。然后用干净的绒布从镜片中心开始向边缘作螺旋形单向运动。擦完一次把绒布换一个地方再擦，直至擦净为止。如果镜片上有油渍、污物或指印等擦不掉时，可用柳枝条裹上脱脂棉，蘸少量酒精和乙醚混合液（酒精80％，乙醚20％）擦拭。如果有较重的霉点或霉斑无法除去时，可用棉签蘸水润湿后粘上碳酸钙粉（含量为99％以上）进行擦拭。擦拭后，应将粉末清除干净。镜片是否擦净，可用镜片上的反射光线进行观察检查。要注意的是，擦拭前一定要将灰尘除净。否则，灰尘中的砂粒会将镜面划起沟纹。不准用毛巾、手帕、衣服等去擦拭镜片。酒精乙醚混合液不可用的太多，以免液体进入镜片的粘接部使镜片脱胶。镜片表面有一层紫蓝色的透光膜，不要误作污物将其擦去。
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